Vislielākais burtu izmērs
Lielāks burtu izmērs
Burtu standarta izmērs
Projekta aktivitātes
Pēdējās izmaiņas veiktas:
29.05.2014

Biodrošības pēcpusdiena 1 - starpdisciplinārs seminārs

Prezentācijas (uzstāšanās kārtībā): 

Jānis Ancāns: „Šūnu terapijas biodrošības kritēriji”

Jekaterīna Kalēja: „Sabiedrības izpratne par cilmes šūnu lietojumu un tās ietekme uz biodrošību"

Nils Rostoks: „ĢMO fundamentālās zinātnes pētījumos pasaulē un Latvijā”

Aivita Putniņa: „ĢMO politika Latvijā”

Tatjana Tračevska: „Baktēriju genoma izmaiņas: slimnīca un sabiedrība”

Uga Dumpis: „Antibiotikas un mēs”

Liene Ņikitina-Zaķe: „Cilvēka genoma izpētes projekti Latvijā”

Zane Linde: „Genoma projekta rezultāti medicīnas praksē”

Renzo Pegoraro: "Biosafety-precautionary principle" 

Luciana Caenazzo: "Practical applications and risks of genetic testing: how genetic information can be collected and used in the legal process"

Biodrošības pēcpusdiena 2 - starpdisciplinārs seminārs

Aivita Putniņa:  Ievadvārdi un biodrošības bukleta prezentācija – „Moderno biotehnoloģiju priekšrocības un riski”

Nils Rostoks: „Biodrošība un ĢMO ierobežota izmantošana laboratorijā” 

Anete Keiša: „Šūnu nāves regulatora LSD1 identificēšana miežos izmantojot ĢMO tehnoloģijas”

Lelde Grantiņa: „Ģenētiski modificētu augu ietekme uz augsnes mikroorganismiem

Jānis Ancāns: „Šūnu terapiju bioloģiskie riski un prasības klīniskajiem pētījumiem”

Una Riekstiņa: „Biodrošības kritēriju ieviešana cilmes šūnu izpētē un laboratorijas praksē”

Tatjana Tračevska: „Biodrošības līmeņi klīniskajā laboratorijā; mūsu pieredze baktēriju paraugu ievākšanā un datu bāzes izveidē laboratorijas apstākļos, atbilstoši biodrošības prasībām”

Uģis Bērs: „Rezistences un virulences bioanalītisko marķieru izpēte Staphylococcus ģints baktērijām, izdalītām klīnikā un sabiedrībā”

Zane Linde, Jekaterīna Kalēja, Ilze Mileiko: „Biotehnoloģijas - riski un drošība publiskajā telpā”

"Zinātnes kafejnīca" 

2011. gada 31.maijā 18:00 Latvijas Universitātes kafejnīcā notika "Zinātnes kafejnīcas" pasākums - ”Dzīvās zāles-šūnas” 

Konferenču un lekciju prezentācijas 

I. Līduma prezentēja tēzes 11. Baltijas laboratorās medicīnas kongresā (11th Baltic Congress in Laboratory Medicine), kurš notika 2012. gada 10.- 12. maijā Vilņā, Lietuvā: I. Liduma, U. Bers, A. Gorbatjuka, A. Zilevica, T. Tracevska.“Combination of a microtiter plate method with the amplification of the icaA/aap genes is an effective tool to determine biofilm formation in Staphylococcus epidermidis isolates from Latvian patients”.

U. Bērs ir iepazīstinājis vecāku klašu skolēnus ar projekta pētījuma tēmu prezentācijā „Baktēriju bioplēves un ar katetriem saistītās asinsrites infekcijas” 2012. gada 26. aprīlī pasākumā „Mazā Bioloģijas Universitāte”, LU Bioloģijas fakultātē.

2011. gada 10. novembrī Nils Rostoks piedalījās zinātnes kafejnīcā „Ģenētiski modificēta pārtika: panaceja vai inde?” ar prezentāciju "Transgēni (ģenētiski modificēti) organismi".

Apvienotā pasaules latviešu zinātnieku III kongresa un Letonikas IV kongresa «Zinātne, sabiedrība un nacionālā identitāte» Medicīnas un sporta zinātnes sēdes „Medicīnas zinātne un Latvijas sabiedrības veselība XXI gadsimtā” ietvaros, kura norisinājās 2011. gada 25. oktobrī Latvijas Universitātes Lielajā aulā, U. Riekstiņa un R. Muceniece  uzstājās ar prezentāciju  „Cilvēku donoru cilmes šūnu raksturojums” un U. Riekstiņa, V. Parfejevs, K. Jēkabsons, B. Jansone, V. Kluša, R. Muceniece prezentēja stenda referātu  Dažādu donoru ādas cilmes šūnu neirodiferenciācijas potenciāls un cAMF/PKA signālceļa aktivitāte”.

V. Parfejevs, M. Gavare, L. Cappiello, M. Grube, R. Muceniece, U. Riekstina Evaluation of biochemical changes in dermal stem cells during in vitro neurodifferentiation by FT-IR analysis. Prezentētais posteris.14th European Conference on the Spectroscopy of Biological Molecules. Portugāle, Coimbra Universitāte, 29. augusts-3. septembris.

Vadims Parfejevs no 2011. gada 7. līdz 10. jūnijam piedalījās TERMIS konferencē Granadā Spanijā, un 10. jūnijā uzstājās ar stenda referātu „Human skin derived mesenchymal stem cell characterization and effects of DMSO on growth hormone secretion and marker profile”. Stenda referāta abstrakts ir pieejams šeit.

21st European Congress of Clinical Microbiology and Infectious Diseases (ECCMID)27th International Congress of Chemotherapy (ICC) 07.05.2011 - 10.05.2011  Milan, Italy. I. Liduma*, T. Tracevska, U. Bers, A. Zilevica (Riga, LV) Phenotypical and genetical analysis of biofilm formation by coagulase negative staphylococci 

Ilze Mileiko (13.04.2011-14.04.2011) apmeklēja Daugavpils Universitātes 53. starptautisko zinātnisko konferenci, kur darba grupā „Socioloģijas un politoloģijas aktuālie izaicinājumi un problēmas” nolasīja referātu:  Auglība, neauglība to definēšanadrošības konteksts. Tika publicētas arī konferences zinātniskās tēzes un raksts.

Nils Rostoks piedalījās un prezentēja posteri 14th Annual Conference of the European BioSafety Association, 2011. gada 13. aprīlī, Estorilā, Portugālē.  

Mārtiņš Borodušķis - Gene Expression Analysis, May 9 to 13, 2011, doctoral level course, Karolinskas institūts, Stokholma, Zviedrija

Mārtiņš Borodušķis- ISSCR 9th Annual Meeting, June 15-18, 2011, Metro Toronto Convention Centre, Toronto, Ontario, Canada http://www.isscr.org/meetings/ Effects of DMSO on Growth Hormone, Differentiation and Pluripotency Marker Expression in Human Stem Cell Culturesposteris un tēzes.

5.04. Nils Rostoks piedalījās zinātnes kafejnīcā „Sintētiskā bioloģija – vai problēmu risinājums?” ar prezentāciju „Sintētiskā bioloģija un biodrošība”.  

K. Jēkabsons, V. Parfejevs, A. Pērkuma, M. Pavasare, N. Lencberga, B. Jansone, U. Riekstiņa, R. Muceniece "Cilvēku galvas smadzeņu garozas cilmes šūnu līnijas ReNCell raksturojums in vitro" (referēja Vadims)
M.Borodušķis, V.Parfejevs, I.Čakstiņa, I.Nakurte, U.Riekstiņa, J.Ancāns "DMSO klātbūtnes vidē ietekme uz cilvēka mezenhimālo šūnu kultūrām"
U.Bērs, I.Līduma, U.Riekstiņa, T.Tračevska "Kvoruma sajūtas nozīme stafilokoku biofilmas veidošanās procesā"
J.Kungs, D.Sarceviča, L.Cappiello, I.Čakstiņa, U.Riekstiņa, J.Ancāns "Kariotipēšanas un krioprezervācijas metožu validācija cilvēka dermālajām mezenhīmas šūnu kultūrām"

Iveta Līduma, Tatjana Tračevska, Uģis Bērs, Aija Žileviča -  nolasīja referātu LU 69.konferences Medicīnas sekcijas sēdē - "Biofilmu veidojošo S.epidermidis celmu noteikšana, izmantojot fenotipiskās un molekulārās bioloģijas metodes".

Nils Rostoks, Lelde Grantiņa un Anete Keiša - 01.12.10. nolasīja lekcijas  doktorantūras skolas „Augu un augsnes bioloģisko resursu izpēte ilgtspējīgai izmantošanai” nodarbībā. Nila Rostoka prezentācija - "Ģenētiski modificēti organismi. Pielietojums fundamentālajā zinātnē un vides riska faktori". Leldes Grantiņas prezentācija - "Ģēnētiski modificētu augu ietekme uz augsnes mikroorganismiem".

Iveta Līduma - 20.05.10. Latvijas Medicīnas Mikrobiologu asociācijas konferencē prezentēja referātu -  „Stafilokoku biofilmu veidošanās un tās izpēte”

Nils Rostoks - 15.07.10 nolasīja lekciju par ĢMO biodrošību SIA „BioSan” darbiniekiem. Lekcijas "Ģenētiski modificēti organismi" prezentācija.

Una Riekstiņa, Vadims Parfejevs. 11.11.2010. Lekcija, AVALON HOTEL, RIGA. Pieaugušo cilmes šūnas: jaunākie pētījumi Latvijas Universitātē. Konferences programma.

T. Tračevska: 17. novembrī 2010.g. uzstāšanās PSKUS konferencē „Slimnīcā iegūto infekciju un antibiotiku patēriņa aktualitātes Latvijā” ar mutisku referātu “ Staphylococcus epidermidis kā nopietns nozokomiālo infekciju ierosinatājs”. Konferences programma  PDF failā.

U. Bēra dalība  LU Studentu padomes rīkotajā konferencē 3.decembrī.  Prezentācija "Kvantitatīvās polimerāzes ķēdes reakcijas apbrobēšana klīniski nozīmīgu stafilokoku diagnostikai". Prezentācijas autori: Uģis Bērs, Iveta Līduma, Tatjana Tračevska.

J. Kalēja 2010. gada 27. februārī LU Kultūras antropoloģijas sekcijā prezentēja referātu - Šūnas un cilvēki: atgriezties pie pirmsākumiem vai pārvēršanās izaicinājums. Cilmes šūnu gadījums.

Z.Linde prezentēja Valsts iedzīvotāju Genoma datu bāzes ekspertiem un darbiniekiem maģistra darba ietvaros veikto pētījumu par ģenētiskajām biotehnoloģijām ikdienas medicīnas praksēs. Prezentācija.

Aivitas Putniņas un Signes Mežinskas lekcija par Ģenētiski modificētu organismu sabiedriskajiem un ētiskajiem aspektiem. Lekcija Bioloģijas fakulātes maģistrantūras studentiem 2010. gada 3. decembrī - 10:30.

Zanes Lindes prezentācija - "Viedokļu daudzveidība - ĢMO gadījums." Prezentēta 2010. gada13. decembrī - Latvijas Diētas un Uztura Speciālistu Asociācijas atklātās jubilejas biedru sēdē „Ģenētiski modificēta pārtika - par un pret”. 

Publikācijas 

Nakurte I, Keisa A, Rostoks N (2012) Development and Validation of a Reversed Phase Liquid Chromatography Method for the Simultaneous Determination of Indole-3-Acetic Acid, Indole-3-Pyruvic Acid and Abscisic Acid in Barley (Hordeum vulgare L). Journal of Analytical Methods in Chemistry  2012:103575 http://www.hindawi.com/journals/jamc/2012/103575/

Keiša A, et al. (2012) Increased auxin content and altered auxin response in barley necrotic mutant nec1. In Zhang, G., Li, C., Liu, X. (eds.) Proceedings of the 11th International Barley Genetics Symposium, April 2012 (pp. 140-148). Hangzhou: China.

Keisa A, Kanberga-Silina K, Nakurte I, Kunga L, Rostoks N (2011) Differential disease resistance response in the barley necrotic mutant nec1. BMC Plant Biology 11(66) http://www.biomedcentral.com/1471-2229/11/66

Ievina B, Syed N, Flavell AJ, Ievinsh G, Rostoks N (2010) Development of retrotransposon-based SSAP molecular marker system for study of genetic diversity in Sea Holly (Eryngium maritimum L.). Plant Genetic Resources 8(3): 258-266 http://journals.cambridge.org/action/displayAbstract?fromPage=online&aid=7935367

Keiša A, Brueggeman R, Drader T, Kleinhofs A, Rostoks N (2010) Transcriptome analysis of the barley nec3 mutant reveals a potential link with abiotic stress response related signaling pathways. Environmental Experimental Biology 8: 1-16. http://eeb.lu.lv/EEB/current/EEB_8_Keisa.pdf

Linde Z (2011) Discursive aspects of GMO risk policy in Latvia.  In Hofstatter, B., G. Getzinger (eds.) Proceedings of the 10th Annual IAS-STS Conference on Critical Issues in Science and Technology Studies (Electronic publication) http://www.ifz.tugraz.at/ias/Media/Dateien/Downloads-IFZ/IAS-STS/10th-Annual-IAS-STS-Conference/Proceedings/Linde_Ext-Abstract

Putniņa A (2011) Iedzīvotāju reproduktīvā veselība. Pārskats par situāciju Latvijā (2003-2011), Rīga: Papardes Zieds. http://www.scribd.com/doc/76775055/Latvijas-iedz%C4%ABvot%C4%81ju-reprodukt%C4%ABv%C4%81-vesel%C4%ABba-P%C4%81rskats-par-situ%C4%81ciju-2003-2011

Mezinska S, Mileiko I, Putnina A (2012) Sharing Responsibility in Gamete
Donation: Balancing Relations and New Knowledge in Latvia. Medicine Studies 3(3): 185-196 http://link.springer.com/article/10.1007%2Fs12376-011-0071-7

Putniņa A (2012) The Relationship between the Body and its Parts: Accommodating Stem Cell, Gene, Tissue, and Organ Transplantation Technologies in Latvia. In Gunnarson, M,. Svaneus, F. The Body as Gift, Resource and Commodity. Exchanging Organs, Tissues and Cells in the 21st Century (pp. 80-102).  Stockholm: Södertörns högskola. http://edit.info.lu.se/upload/Kulturvetenskaper/dokument/TheBodyAsGift.pdf

Mežinska S (2012) Zinātnieka ētika un biobankas. Grām. Zinātnieka ētika: Latvija, Baltija, Eiropa. Tēzes (231.-235 lpp.). Rīga: LU. http://www.fsi.lu.lv/userfiles/Zin%C4%81tnieka%20%C4%93tika%20-%20T%C4%93zes.pdf

Putniņa A (2012). Aborts - starp sievietes un nedzimuša bērna tiesībām. Jurista vārds. 24. jūlijs, 2012

Ancans J (2012) Cell therapy medicinal product regulatory framework in Europe and its application for MSC - based therapy development. Frontiers in Immunology  3(253). http://www.frontiersin.org/Alloimmunity_and_Transplantation/10.3389/fimmu.2012.00253/abstract

Parfejevs V, Jēkabsons  K, Borodušķis M, Čakstiņa I, Ancāns J,  Muceniece R, Riekstiņa U (2010) Characterization of Human Skin-Derived Stem Cell Neurodifferentiation PotentialCilvēka ādas cilmes šūnu neirodiferenciācijas potenciāla raksturošana. Latvijas Universitātes Raksti. Medicīna 755: 61-71 http://www.lu.lv/fileadmin/user_upload/lu_portal/apgads/PDF/LUR-755_Medicina.pdf

Tračevska T, Līduma I, Bērs U, Platace D,  Žilēviča A (2010) Sepsis caused by coagulase negative staphylococci is associated with the aap and the icaA genes. Clinical Microbiology and Infection 16: 3

Žileviča A, Tracevska T, Liduma I, Viesturs U (2010) Discrimination between contaminating and commensal strains of Staphylococcus epidermidis (Search for phenotypic virulence criteria in Staphylococcus epidermidis). Int. J. Bioautomation 14(3): 179-186 http://www.clbme.bas.bg/bioautomation/2010/vol_14.3/files/14.3_02.pdf

Liduma I, TracevskaT, Bers U, Zilevica A (2011) Phenotypical and genetical analysis of biofilm formation by coagulase negative staphylococci. 21st European Congress of Clinical Microbiology and Infectious Diseases (ECCMID)27th International Congress of Chemotherapy (ICC) 07.05.2011 - 10.05.2011  Milan, Italy http://www.eccmidabstracts.com/abstract.asp?id=93500

Līduma I, Tračevska T, Žileviča A (2010) Nozokomiālo koagulāzes negatīvo stafilokoku meticilīnrezistences un virulences faktoru pētījums / Study on Virulence Factors and Methicillin Resistance in Nosocomial Coagulase Negative Staphylococci. Latvijas Universitātes RakstiMedicīna 755: 13-20 http://www.lu.lv/fileadmin/user_upload/lu_portal/apgads/PDF/LUR-755_Medicina.pdf

Līduma I, Tračevska T, Bērs U, Žileviča A (2012) Phenotypic and Genetic Analysis of Biofilm Formation by Staphylococcus epidermidis. Medicina (Kaunas) 48(6): 305-309 http://medicina.kmu.lt/1206/1206-05e.pdf

Tracevska T, Liduma I, Bers U, Riekstina U, Zilevica A (2012) Evaluation of the Expression of luxS Gene in Clinical Isolates of Staphylococcus epidermidisfrom Bloodstream infections. Innovative journal of Medical and health Science 2(4): 59-62 http://www.innovativejournal.in/index.php/ijmhs/article/download/353/230

Populārzinātniskās publikācijas

26.02.2010. Portāls TVNET. „Pētīs cilmes šūnu terapiju drošību”,  plkst.15:24. Ziņu aģentūras LETA video sižets par preses konferenci 2010. gada 26. februārī uzsākot projektu „Kapacitātes stiprināšana starpnozaru pētījumos biodrošība”. Piedalās projekta aktivitāšu vadītāji – N.Rostoks, A.Putniņa, U.Riekstiņa, T.Tračevska. http://www.tvnet.lv/zinas/latvija/305770-petis_cilmes_sunu_terapiju_drosibu/print

09.06.2010. Intervija ar projekta galveno izpildītāju U.Riekstiņu Latvijas Radio 1 raidījumā „Zināmais nezināmajā – Kas zinātniekiem un mediķiem zināms par cilmes šūnām?” plkst. 14:05. http://www.latvijasradio.lv/program/1/2010/06/20100609.htm

12.05.2010. Raksts „Trīs cerības zinātnē” žurnālā „Ieva”, satur informāciju par projekta galveno izpildītāju un L’oreal un UNESCO Latvijas stipendijas „Sievietēm zinātnē” ieguvēju Unu Riekstiņu.

01.05.2010. G. Skagale. Raksts „'Amflora' - vai jābaidās?”. Žurnāls Agrotops, Nr. 5 (2010. gads), 10.-14.lpp. Intervija ar projekta zinātnisko vadītāju Nilu Rostoku par ģenētiski modificētu kartupeļu audzēšanu.

26.07.2010. T. Tračevska. Eseja „Tuvojoties antibiotiku ēras beigām”. Projekta galvenās izpildītājas Tatjanas Tračevskas eseja, publicēta projekta mājas lapā www.biodrosiba.lv

20.12.2010. M.Borodušķis, V.Parfejevs. Raksts „Brīnumainās šūnu pārvērtības” elektroniskajā žurnālā „Terra”. www.lu.lv/terra2/raksti/t/4780

17.12.2010. Intervija ar pētnieci Aneti Keišu un projekta zinātnisko vadītāju N.Rostoku Latvijas Radio 1 raidījumā „Zināmais nezināmajā” par ĢMO - "ĢMO - Eiropas nākotne vai posts?", plkst.14:30. http://www.latvijasradio.lv/program/1/2010/12/20101217.htm

29.09.2011. Intervija ar pētnieci S. Mežinsku raidījumā „Zināmais nezināmajā” par genoma izpētes sociālajiem un ētiskajiem aspektiem Latvijas Radio 1 plkst.14:05. http://www.latvijasradio.lv/program/1/2011/09/20110929.htm

07.11.2011. Diskusija par orgānu transplantāciju Latvijā ar Aivitas Putniņas līdzdalību raidījumā „Krustpunktā”, Latvijas Radio 1 plkst.13:06. http://www.latvijasradio.lv/program/1/2011/11/20111107.htm

15.12.2011. Raidījums „Zināmais nezināmajā” par jaunāko tehnoloģiju izmantošanu neiroķirurģijā un smadzeņu darbības pētījumos un saistītajiem bioētikas un neiroētikas jautājumiem ar pētnieces Signes Mežinskas līdzdalību, Radio 1 plkst.14:05. http://www.latvijasradio.lv/program/1/2011/12/20111215.htm

28.02.2012., Latvijas Universitātes Mazajā aulā  Izstāde „Struktūrfondi Latvijas Universitātē”, izvietots projekta plakāts un informācija LU 70.konferences bukletā. http://www.lu.lv/par/projekti/es/info/aktualitates/strukturfondi-lu-2007-2013-posteri/

16.05.2012. Ilze Kuzmina. Raksts „Jaunā bioloģe Anete Keiša pēta, kā mieži pretojas slimībām”. Latvijas Avīze. Raksts par Anetes Keišas pētniecisko darbību. http://la.lv/index.php?option=com_content&view=article&id=350138:jaun-bioloe-anete-keia-pta-k-miei-pretojas-slimbm&Itemid=145

01.11.2012. Latvijas Radio 1 plkst. 14:30 raidījumā "Zināmais nezināmajā" intervija ar projekta vadošo pētnieku J.Ancānu un pētnieci I.Čakstiņu par klīnisko un pētniecisko laboratoriju biodrošības problēmām. http://www.latvijasradio.lv/program/1/2012/11/20121101.htm

Kārlis Rozenbergs - Biodrošības riska aspekti somatisko šūnu terapijas zāļu un audu inženierijas produktu apritē

Kārlis Rozenbergs - Biodrošības riska aspekti somatisko šūnu terapijas zāļu un audu inženierijas produktu terapijā - 1. pielikums

Projekta laikā izstrādātās tehnoloģijas somatisko cilmes šūnu biodrošības kritēriju raksturošanai

1)„Cilvēka mezenhimālo cilmes šūnu genoma stabilitātes izvērtēšanas standartdarbību protokolu (SOP) izstrāde un ieviešana” (izstrādāja un sagatavoja:  Inese Čakstiņa, Jānis Kungs, Laura Cappiello, Una Riekstiņa un Jānis Ancāns)

2) „Tehnoloģija tumorigenitātes riska novērtēšanai laboratorijā kultivētās mezenhimālo cilmes šūnu (MCš) kultūrās” ( izstrādāja un sagatavoja:  Una Riekstiņa, Vadims Parfejevs, Laura Cappiello)

3) „Cilvēka mezenhimālo cilmes šūnu kultivēšanas un gēnu ekspresijas analīzes standartdarbību protokolu (SOP) izstrāde un ieviešana” (izstrādāja un sagatavoja: Mārtiņs Borodušķis, Inese Čakstiņa, Jānis Kungs, Kārlis Rozenbergs un Jānis Ancāns)

Projekta laikā izstrādātās adaptētas ĢMO bioanalītisko marķieru analītiskas metodes

1) Metodes hibrīdapšu (Populus tremuloides x P.tremula) ietekmes uz kultivējamiem augsnes mikroorganismiem noteikšanai

2) Protokols auksīna noteikšanai miežu (Hordeum vulgare L.) asnos

3) Metodes transgēnās miežu līnijas h228.2a ietekmes uz augsnes mikroorganismiem noteikšanai

4) Protokols Arabidopsis thaliana transformācijai

5) Protokols Arabidopsis thaliana transformācijai ar miežu NEC1 un LSD1 gēna homologiem

Projekta laikā izstrādātās virulences/ rezistences noteikšanas un genotipēšanas tehnoloģijas patogēno baktēriju rezistences un virulences pētījumiem

1) tehnoloģija  virulences aap/icaA gēnu noteikšanas metode

2) genotipēšanas tehnoloģija MLST (Multilocus sequence typing) S.epidermidis celmiem

3) tehnoloģija  S.epidermidis biofilmas veidošanas spēju noteikšanai ar mikrotitru plati

Projekta laikā izstrādātie maģistra un bakalaura darbi, to kopsavilkumi

Zane Linde - Ģenētiskās biotehnoloģijas ikdienas medicīnas praksēs. (maģistra darbs)

Jekaterina Kalēja - Lēmumu pieņemšana par jauno biotehnoloģiju izmantošanu: cilmes šūnu diskurss Latvijā. (maģistra darbs)

Mārtiņš Borodušķis - Cilvēka mezenhimālo šūnu kultūru konfluences un DMSO (dimetilsulfoksīda) klātbūtnes vidē ietekme uz citokīnu, augšanas faktoru un to
receptoru ekspresiju.
 (maģistra darba kopsavilkums)

Uģis Bērs - "Kvantitatīvās polimerāzes ķēdes reakcijas aprobēšana klīniski nozīmīgu stafilokoku diagnostikā" (bakalaura darba kopsavilkums)

Anna Gorbatjuka, brīvprātīga persona,  - "Virulences potenciāla izpēte veselo cilvēku Staphylococcus epidermidis komensālos celmos" (maģistra darba kopsavilkums)

Sandra Minova - „Transgēnās miežu līnijas H228.2A ietekme uz augsnes mikroorganismiem” (bakalaura darba kopsavilkums)

Dace Saulīte – „Hibrīdapšu (Populus tremuloides x P.tremula) ietekme uz augsnes mikroorganismiem” (bakalaura darba kopsavilkums)

Ziņojumi

Priekšizpētes ziņojumi par ES un tās dalībvalstu pozīciju biodrošībā un tehnoloģiju izvērtēšanā:

Mākslīgā apaugļošana

Cilmes šūnas

ĢMO

Pacientu drošība

Pētījumu gala ziņojumi par biodrošību un pārvaldību:

„Medicīniskās apaugļošanas tehnoloģiju pārvaldība un biodrošība Latvijā”

"Slimnīcā iegūtu infekciju prevencijas un kontroles pārvaldība un biodrošība Latvijā"

Atsevišķu komandējumu saturiskās atskaites

Lelde Grantiņa-Ieviņa piedalījās 4. Starptautiskajā kongresā EUROSOIL 2012, Bari, Itālijā, 2012.gada 2.-6. jūlijs

Kongresa posteru sesijā 2. jūlijā "Plant soil interactions from the rhizosphere to the field scale" tika prezentēts stenda referāts "Impact of transgenic barlay line H228.2A on soil microorganisms". Ar kādu zinātnieku no Francijas tika diskutēts par to, vai būtu kaut kādā veidā netieši iespējams noteikt horizontālo gēnu pārnesi no ģenētiski modificētiem augiem uz augsnes baktērijām, lai nebūtu jāizolē atsevišķas baktēriju tīrkultūras. Kolēģis piekrita, ka miežu gadījumā būtu grūti izolēt augsnes DNS tā, lai paraugā nebūtu sīkas miežu sakņu daļiņas.

Mieži kā modeļorganismi bija izmantoti vairākos pētījumos. Piemēram, saistībā ar silicija ciklu augsnē vai ar siliciju saturoša mēslojuma ietekmi, jo mieži ir kultūra, kas būtiski akumulē siliciju (Floor et al., "Agricultural silica harvest: A new loop in the terrestrial silica cycle?"; Siam, "Ameliorative effect of silicon, chiken manure and availability of nutrients uptake by barley plants, grown in newly reclaimed soil"s). Kādā pētījumā bija analizēti miežu sakņu veidotie gaistošie organiskie savienojumi ar mērķi izstrādāt metodi šo savienojumu detektēšanai (Hirtt et al., "Modeling of the diffusion of VOCs emitted by barley roots").

Kongresa posteru sesijā 3. jūlijā "Influences of tree species on forest soil" tika prezentēts stenda referāts "Impact of hybrid aspen (Populus tremuloides x P. tremula) on soil microbial populations". Prezentētais pētījums tika apspriests ar vairākiem kolēģiem no Latvijas: Prof. Aldis Kārkliņš, Raimonds Kasparisnkis, Arta Bārdule u.c. Tika diskutēts par iespējamu zinātnisko sadarbību nākotnē.

Arī hibrīdapses un apses bija izmantotas kā ātri augošu koku modeļorganisms citos pētījumos. Piemēram, igauņu kolēģu pētījumā par nakts ūdens līdzsvara ietekmi uz augšanu augstas slāpekļa pieejamības apstākļos (Kupper et al., "Effect of soil nutrient availability on nocturnal water relations and fine-root acclimation in hybrid aspen seedlings"s). Savukārt apse P. tremuloides bija izmantota kanādiešu pētījumā par to, kā kūdras augšņu apmežošana ietekmē tādu pioniersugu augšanu kā apses, kurām nav zināma cieša saistība ar augsnes mikroorganimu populācijām, un alkšņi Alnus crispa, kam ir labi izpētītas mutuālistiskas attiecības ar augsnes aktinomicētēm (Beasse and Quideau, "Stable isotope probing of the rhizosphere community in Populus tremuloides Michx. and Alnus crispa Ait.").

Tika apmeklētas kongresa sesijas un posteru sesijas, kas saistītas ar augsnes mikrobioloģiju: “Plant soil interactions from the rhizosphere to the field scale”, “Impact of climate change on soil biochemical activity with special emphasis on soil respiration”, “Influences of the tree species on forest soils”, “Soil biodiversity and ecosystem services”, “Organic matter decomposition: does soil diversity matter?”, “Ecosystem services and functions driven by the diversity of soil biota”.

Galvenās gūtās atziņas:

1)      Arvien vairāk augsnes mikrobioloģijā izmanto metagenomiskās, metatranskriptomiskās un metaproteomiskās analīzes, lai kompleksi analizētu sēņu un baktēriju populācijas, kuras sastāda būtisku augsnes daļu – sēnes vidēji ir 3,5 t/ha, baktērijas 1,5 t/ha, bet augsnes fauna (sīkie bezmugurkaulnieki) 1-5 t/ha; uzskata, ka vienā hektārā augsnes ir 4 miljoni nezināmu mikroorganismu;

2)      Vairākos lielajos projektos, piemēram, Ecofinders, kas apvieno vairāku valstu zinātnieku grupas, tiek izstrādātas augsnes kvalitātes indikatorsistēmas, iekļaujot arī mikrobioloģiskos rādītājus; klasiski augsnes raksturošanai izmanto fizikālos un ķīmiskos rādītājus, bet arī bioloģiskie rādītāji ātri reaģē un vides izmaiņām; tomēr jāatceras, ka dažādos augsnes tipos dažādām mikroorganismu grupām ir dažāda nozīme augsnes funkciju nodrošināšanā; lai izstrādātu un pārbaudītu šos indikatorus, izmanto ilglaicīgos parauglaukumus; molekulārās bioloģijas metožu gadījumā svarīga ir DNS ekstrakcijas optimizācija; biežāk lietotie indikatori – mikrobiālā biomasa, mikroorganismu daudzveidība, kas noteikta ar T-RFLP metodi, sēņu baktēriju attiecība, kas noteikta ar PLFA metodi, augsnes elpošana, ūdens iefiltrēšanās u.c.

3)      Vairākās Eiropas Savienības valstīs (Francijā, Vācijā, Nīderlandē) tiek īstenotas nacionāla mēroga augsnes monitoringa programmas.

Sīkāku informāciju par kongresu var skatīt šeit.

Signe Mezinska piedalījās bezpeļņas organizācijas PRIM&R (Public Responsibility in Medicine and Research) gadskārtējā konferencē Advancing Ethical Research Conference: Harmonizing Ethics, Regulations & Research ASV, National Harbor, MD (2011.gada 1.-4. decembris).

1. decembrī notika pirmskonferences programma, kurā S.Mežinska piedalījās sekcijā par institucionālo biodrošības komiteju darbību ASV un iepazinās ar biodrošības praksi, resursiem un inovatīvām pieejām. No 2. līdz 4. decembrim norisinājās konferences pamatprogramma, kurā S.Mežinska uzstājās ar referātiem „Cilvēka bioloģiskā materiāla paraugu un datu starptautiskā apmaiņa: Eiropas skatījums” un „Kopienas iesaistīšana pētījumu ētisko aspektu izvērtēšanā: Eiropas perspektīva”, kā arī piedalījās diskusijās par aktuālām biodrošības un biomedicīnas pētījumu ētikas problēmām.

Konferencē kopumā piedalījās aptuveni 2500 dalībnieki no 30 valstīm. Dažādās konferences sekcijās tika diskutēts par pētījuma subjektu aizsardzības problēmām infomētas piekrišanas, risku un ieguvumu izvērtēšanas, interešu konfliktu mazināšanas u.c. jomās. Īpaša uzmanība tika pievērsta sociālo mediju pētījumu ētikai. Ar galvenajiem referātiem uzstājās mūsdienu ievērojamākie pētījumu eksperti – T. Bīčems, R. Fādena, F.Millers, D.Vendlers u.c.

Tatjana Tračevska piedalījās Eiropas klīniskās mikrobioloģijas un infekcijas slimību biedrības (ESCMID) konferencē „Infekcijas slimību diagnostika: jauninājumi un nākotne” ("Diagnosing Infectious Diseases: Future and Innovation, Venice"), 2011. g. 24-26. oktobrī.

Konferences laika tika prezentētas un apspriestas cilvēka veselību apdraudošo infekcijas aģentu jaunas diagnostikas metodes. Liela uzmanība bija pievērsta automātiskām un pusautomātiskām diagnostikas sistēmām: Maldi-TOF, Seldi-TOF,  ESI- masas spektrofotometrija, PLEX-ID, FACS un dažām citām. Tā, jaunākas metodes ļauj analizēt ļoti plašu paraugu spektru (baktērijas, vīrusi, protozoji viena mēģenē tiek diagnosticēti 6-8 stundu laikā), un to lielu skaitu, kas noder lielas references laboratorijas vajadzībām.  Taču šīs sistēmas ne vienmēr sevi attaisno to ļoti augstu izmaksu dēļ, ka arī iezīmējās daži to trūkumi un uzlabojumu virzieni nākotnē,  par kuriem zinātniekiem būtu jādomā:

1) šāda tipa sistēmas būtu vairāk noderīgas paraugu antibakteriālas jutības noteikšanai;

2) tās varētu izmantot paraugu genotipēšanai , - ātrai infekcijas avota meklēšanai;

3) ir nepieciešams  veikt diagnostiku tieši no klīniskā materiāla un analizēt izraisītāja virulences faktorus;

3) sistēmas ir pārāk dārgas nelielām laboratorijām (Espinal et al, in press 2011).

Uzmanības vērts bija arī cilvēka mikrobiomas pētījuma projekts (Arumugam, Nature, 2011), kas ir vērsts uz cilvēka un mikroorganismu „sadzīves” noslēpumiem. Tā, piemēram, projekta gaita atklājas, ka smēķētāju un nesmēķētāju elpošanas ceļu bakteriāla, ka arī vīrusu mikroflora ir atšķirīga.

John Mokili prezentēja vīrusu metagenoma projektu, kurā iesaistīja visus gadījumus ar gripas vai gripai līdzīgu infekciju. Pētījuma laikā atklājas, ka lielāko daļu vīrusu mūsu organisma elpošanas ceļos veido tādi vīrusi, ka Enterovīruss C (36%), Torque  tenovīruss (29%), rinovīrusi (8%) , un cilvēka papilomas vīruss (2%). Interesanti, ka rinovīrusu seroloģiska dažādība bija ļoti augsta, tāpēc arī iesnas cilvēkus piemeklē atkārtoti. Pārējo daļu veido vīrusi, kas ir atrodami arī apkārtējā vidē: stromatolītos, ūdeņos, zarnu mikroflorā. Izmantojot jaunākas paaudzes genoma izpētes tehnikas, ir atklāti arī daži jauni cilvēkā esošie vīrusi, kas ir iesaistīti vēža attīstībā (onkoģenēze). 

No biodrošības viedokļa interesants bija G. Levena ziņojums, kurā autors pasvītroja pareizas vīrusu diagnostikas nozīmi, jo bieži vien (75 % gadījumu) cilvēkam pie apakšējo elpceļu infekciju nenosaka izraisītāju vispār, un līdz ar to ne vienmēr to terapija ir adekvāta. Tā, apakšējo elpceļu saslimšanas 80% gadījumos izraisa vīrusi, taču 60 % no pacientiem tiek ārstēti ar antibakteriālām vielām, kas pret vīrusiem nav pielietojamas, jo nav efektīvas. Tas rada rezistences (nejutības) pret antibakteriālu terapiju pieaugumu un nejutīgu celmu izplatīšanos sabiedrībā. Pētījumā izmantota Multiplex-PCR metode, kas var vienlaicīgi noteikt vairākus vīrusus kā infekcijas izraisītājus, labi pierādīja sevi epidemioloģijas saikņu izpētē un pie kritiski smagiem saslimšanu gadījumiem, taču ne tik labi pie vīrusu monoinfekcijas. 

Kopumā, konferencē iegūta informācija bija noderīga klīniskās mikrobioloģijas un laboratoriju speciālistiem, ka arī šī zinātnes virziena pētniekiem.

Zane Linde un Signe Mežinska piedalījās Nordic Network for Philosophy of Medicine and Medical Ethics konferencē Viļņā, Lietuvā (2011.gada 5.-7.oktobris)

Konference tika organizēta Ziemeļvalstu sadarbības tīkla ietvaros, kurā ir iesaistīti Zviedrijas, Somijas, Norvēģijas, Dānijas, Īslandes, Latvijas, Lietuvas un Igaunijas zinātniskās pētniecības centri, kas nodarbojas ar pētījumiem medicīnas ētikā un medicīnas filosofijā. Sadarbības tīkls tika dibināts 2009. gadā un tā mērķis ir veicināt kopējus pētījumu projektus Ziemeļvalstīs, kā arī palielināt doktorantūras studentu skaitu medicīnas ētikas un filosofijas jomā.

Konferences dalībnieki prezentēja jaunāko pētījumu rezultātus. Konferences sadaļā „Veselības aprūpes sociālie aspekti” Signe Mežinska uzstājās ar referātu „Atbildība medicīniskās apaugļošanas tehnoloģiju lietošanā” (referāts tika sagatavots kopā ar Ilzi Mileiko), un Zane Linde uzstājās ar referātu „Pacientu drošība Latvijā: sociālie un kultūras aspekti”. Nozīmīgākās tēmas, par kurām diskutēja konferences dalībnieki, bija personalizētās medicīnas un jauno tehnoloģiju ētiskie aspekti, informētas piekrišanas modeļi un veselības aprūpes pieejamība.

Konferences laikā tika veidoti tālākās sadarbības kontakti un LU Bioloģijas fakultātes Bioētikas un biodrošības centrs tika iekļauts Nordic Network for Philosophy of Medicine and Medical Ethics.

Signe Mežinska piedalījās Eiropas Padomes Bioētikas nodaļas organizētā pieredzes apmaiņas seminārā "Pētījumu ētikas veicināšana Moldovā" Kišiņevā, Moldovā 8.7.2011.

Semināra mērķis bija diskutēt par biomedicīnas pētījumu ētikas pārvaldību Eiropas Padomes valstīs, iepazīties ar dažādu valstu pieredzi un meklēt iespējamos pārvaldības problēmu risinājumus. Signe Mežinska seminārā piedalījās kā viena no Eiropas Padomes uzaicinātajām ekspertēm un uzstājās ar referātu "Biomedicīnas ētikas komiteju veidošana: Baltijas pieredze". Profesors Givi Javashvili savā referātā stāstīja par Gruzijas pieredzi pētījumu ētikas pārvaldībā, bet Eiropas Padomes Bioētikas nodaļas pārstāve Aysegul Elveris iepazīstināja ar Eiropas Padomes „Konvencijas par cilvēktiesību un cieņas aizsardzību bioloģijā un medicīnā” papildprotokola „Par biomedicīnas pētījumiem” galvenajiem principiem un prasībām, kā arī par šī papildprotokola praktiskās ieviešanas problēmām. Profesors Elmar Doppelfeld iepazīstināja semināra dalībniekus ar jaunāko Eiropas Padomes dokumentu, kas regulē biomedicīnas ētikas komiteju darbību - „Pētījumu ētikas komiteju vadlīnijas”. 

Semināra otrajā daļā notika diskusija par biomedicīnas pētījumu ētisko un tiesisko regulējumu Eiropas Padomes valstīs. Kā aktuālākās problēmas tika uzsvērtas atšķirīgās drošības un pārvaldības prasības dažādiem biomedicīnas pētījumu tipiem ar līdzīgas pakāpes risku, ētikas komiteju sastāva veidošana, sabiedrības iesaistīšana biomedicīnas pētījumu risku izvērtēšanā u.c. 

Uģis Bērs, tehniskais asistents, piedalījās EUROBIOFILMS 2011 kongresā Kopenhāgenā, Dānijā (2011.gada 6. - 8. jūlijs).

No 6. – 8. jūlijam Kopenhāgenā, Dānijā norisinājās EUROBIOFILMS 2011 kongress, kas ir gluži jauns biofilmu pētnieku saiets, jo notiek tikai otro reizi. Pirmais saiets tika organizēts 2009. gadā, un tam kā norises vietu izvēlējās Romu, Itāliju. 

Par šī gada kongresa mājvietu tika izvēlēta Kopenhāgenas universitātes Veselības zinātņu fakultātes Panum institūts, kas biofilmu pētījumu jomā ir vadošais zinātniskais institūts Eiropā un ir viens no vadošajiem pasaulē. Šajā institūtā strādā tādi zināmi biofilmu pētnieki kā Niels Høiby, Claus Moser, Thomas Bjarnsholt, Michael Givskov, Per Halkjær Nielsen, Trine Rolighed Thomsen.

Dienu pirms kongresa atklāšanas (5.jūlijā) bija iespēja piedalīties, tā saucamajās, pirms kongresa praktiskajās nodarbībās (pre-congress workshop), kas bija sadalītas pēc 4 lielām tēmām (dzīvnieku modeļi biofilmu pētīšanā, biofilmu baktēriju molekulārā diagnostika, jaunākās tehnoloģijas biofilmu vizualizēšanā, konfokālā lāzera skenējošā mikroskopa izmantošana biofilmas veidošanā). Tika izvēlēta biofilmu baktēriju molekulārā diagnostika, jo tā ir ļoti aktuāla tēma mūsu šī brīža pētījumam. Nodarbība notika teorētiskā līmenī, kur dažādi speciālisti sniedza ieskatu biofilmu baktēriju molekulārās diagnostikas jaunākajās metodēs, kā arī iespējamo neprecizitāšu rezultātu interpretācijas novēršanā. Šeit ir jāatzīmē Garth Erlich lekcija par biosensoro sitēmu Ibis T5000 (sīkāka informācija - http://www.ibisbiosciences.com/technology.html), kas ir novitāte biofilmu baktēriju identificēšanā un izceļas ar augstu jutīgumu un specifiskumu, analizējot asins paraugu. Taču, kā apgalvo paši ražotāji, šī iekārta nav paredzēta diagnostiskiem nolūkiem. 

Kongresa laikā savus darbus prezentācija tādi slaveni zinātnieki kā J. W. Costerton, Werner Zimmerli, Paul Stoodley, Gianfranco Donelli, Holger Rhode, Phillip Stewart. Kongress bija sadalīts divās daļās jeb simpozijos: medicīniskie pētījumi un fundamentālie pētījumi, kas norisinājās paralēli. Medicīniskie pētījumi aptvēra tādas tēmas kā quorum – sensing inhibēšana, izmantojot dažādus savienojumus zemās koncentrācijās, biofilmu infekcijas ortopēdijā, biofilmu baktēriju diagnostika, cistiskā fibroze un biofilmas, brūču infekcijas un korekta analizējamā parauga iegūšana, zobu biofilmas (tajā esošo baktēriju mijiedarbība un komunikācija) un mutes higiēna un nemazāk svarīgi ar dažādu antibakteriālu aģentu kombināciju (piemēram, daptomicīns un rifampicīns) izmantošana biofilmu infekciju terapijā. 

Kongresā piedalījās aptuveni 300 dalībnieki, kas pārstāvēja 64 valstis, 6 kontinentus. Kongresa laikā norisinājās 11 simpoziji (5 medicīniskie; 5 fundamentālie un 1 kopējais), tika prezentēti 204 stenda referāti, no kuriem 40 tika mutiski prezentēti dažādos simpozijos.

6. jūlijā pēc simpozija „Diagnosis of biofilm bacteria” tika prezentēts stenda referāts „Determination between invasive and commensal coagulase negative staphylococci by luxS gene”, autori – Uģis Bērs, Iveta Līduma, Aija Žileviča, Tatjana Tračevska.

Laikā no 19.06.2011 līdz 25.06.2011 Ungārijā, Budapeštā Zane Linde piedalījās 7. Ietvarprogrammas projekta „ICTethics” rīkotājā 1. vasaras skolā. Vasaras skolā tika apgūtas padziļinātas zināšanas par dažādu moderno tehnoloģiju attīstības un izmantošanas tehniskajiem, ētiskajiem, sociālajiem un juridiskajiem aspektiem, kā arī lēmumu pieņemšanas procesu par tehnoloģiju attīstību un lietošanu. Z.Linde piedalījās starpdisciplinārās grupu diskusijās, kā arī prezentēju projektu, saņemot sertifikātu par aktīvu dalību vasaras skolā.  

Aivita Putniņa, Jekaterina Kalēja un Zane Linde piedalījās konferencē „Health in Transition (Bio)Medicine as culture in post-socialist Europe” Prāgā, Čehijā, kas notika 2011. gada 10. un 11. jūnijā.

Konferences mērķis bija sapulcēt kopā medicīnas antropologus un citus ar sociālo zinātņu jomu saistītus veselības aprūpes sistēmas pētniekus, kuru zinātniskā interese ir saistīta ar izmaiņām, kas notikušas post-sociālistisko režīmu medicīniskās aprūpes sistēmā , un jauniem izaicinājumiem, kuriem šādas valstis stājušās pretī pēdējo 20 gadu laikā, ienākot tirgus ekonomikai un notiekot kapitālistiskajām pārmaiņām. Vēl viens ne mazāk svarīgs konferences mērķis bija pārdomāt antropoloģijas vietu sociālo zinātņu vidū post-sociālistiskajā reģionā un veicināt medicīnas antropoloģijas apzināšanos kā ar augstu potenciālu apveltītu nozari lietišķajos pētījumos, kritiskajā un iesaistošā (engaged) pētniecībā.

Šī konference pulcēja (bio)medicīnā ieinteresētus dalībniekus no ASV, Apvienotas Karalistes,  Īrijas, Norvēģijas, Austrijas, Kanādas, Krievijas, Rumānijas, Jaunzēlandes, Latvijas un Čehijas.  Galveno tēmu kopa ar stipru reģionālo fokusēšanos iekļāva sevī sekojošo: mūsdienu biomedicīnas pārvaldes formas,  Eiropas Savienības regulācijas ietekme uz jaunajām dalībvalstīm un valstīm, kas gatavojās pievienoties Eiropas Savienībai, medikalizācijas un slimības paterni, dzimte un veselība, migrantu un etniskā veselība, nabadzība un nevienlīdzīga pieeja veselībai/ veselības aprūpei, veselības aprūpes sistēma kā valsts īpašums un tās privatizācija. Dalībnieku uzstāšanās sniedza daudzas interesantas un noderīgas atziņas un pētnieku savstarpēja komunikācija bija ļoti rosinoša, jo atklāja post-sociālistiskās telpas unikālos procesus un iezīmes, kā arī apskatīja kopīgas biomedicīnas jomas pārmaiņas, kuru cēloņi un dzinuļi ir saistīti ar  globalizāciju.

Konferences ietvaros 2011. gada 11. jūnijā Aivita Putniņa uzstājās ar prezentāciju „Relationship between the politics and body: (informed consent procedures in (post-socialist) Latvia. 2011. gada 11. jūnijā ar prezentāciju „Exploring Medical Biotechnologies in Post-Soviet Latvia” uzstājās arī Jekaterina Kalēja un Zane Linde.

Zane Linde piedalījās Institute for Advanced Studies on Science, Technology and Society rīkotajā starptautiskajā konferencē „Critical Issues in Science and Technology Studies”, kas notika no 2011.gada 2. līdz 3. maijam Grācā, Austrijā. Konferencē debatēja par daudzpusīgiem zinātnes un tehnoloģiju sociāliem, ētiskajiem u.c. aspektiem, tajā skaitā enerģija un klimats, vides pārvalde, ilgtspējīga attīstība un ražošana, informācijas un komunikāciju tehnoloģijas. Z. Linde sekcijā „Ethical, Legal and Social Aspects of Biotechnology and Biomedicine” prezentēja rakstu „Discursive aspects of GMO risk policy in Latvia”. Šī bija ļoti vērtīga konferences sekcija, kur dažādu zinātņu nozaru (sociālo, ekonomikas, lauksaimniecības, politikas u.c.) speciālisti prezentēja savus pētījumus biotehnoloģiju jomā, piemēram, lauksaimniecības biotehnoloģiju ekonomiskos aspektus, sociālekonomiskā novērtējuma iekļaušanu lēmumu pieņemšanā par biotehnoloģiju izmantošanu lauksaimniecībā, tāpat arī pētījums par ētikas komiteju ietekmi uz biotehnoloģiju pārvaldību un citi.

Pētnieces Leldes Grantiņas atskaite par dalību konferencē- Ecology of Soil Microorganisms 2011, Prāgā, Čehijas Republikā, 27.04.-01.05.2011. 

Konferences tematika aptvēra visdažādākos augsnes mikrobioloģijas aspektus, piemēram, vielu aprite un bioģeoķīmija, augsnes mikroorganismu ekoloģijas analīzes metodes, lauksaimniecības un meža augšņu bioloģiskā daudzveidība un funkcionēšana, mikro- un makroorganismu mijiedarbība augsnē, mikroorganismi mainīgā vidē (klimata pārmaiņas un cilvēka darbības radītas izmaiņas), biodegradācija, augsnes organisko vielu noārdīšana, augsnes enzīmi u.c.

Par biodrošību tika prezentētas šādas prezentācijas:

1)      Hannula SE, de Boer W, van Ven JA (Nīderlande) „Tracking carbon flow in the potato rhizosphere to fungal communities using stable isotope probing”. Pētījuma galvenais mērķis bija iegūt labāku izpratni par oglekļa plūsmu no kartupeļu rizosfēras uz saprofītisko sēņu sabiedrību. Eksperimentos tika iekļauti dažādi kartupeļu genotipi, t.sk., ģenētiski modificētu (ĢM) kartupeļu līnija. Tika analizētas asku sēņu, bazīdijsēņu un glomeromicēšu sabiedrību izmaiņas, kā arī funkcionālā gēna cbhl (celobiohidrolāzes) dinamika 24, 120 un 264 stundas pēc 13C pievienošanas izmantojot rt-qPCR, T-RFLP un sēņu sugu identificēšanu, izmantojot molekulārās bioloģijas metodes. Tika konstatēts, ka oglekļa plūsma visiem trim sēņu tipiem ir atšķirīga. Lielākā daļa asku sēņu un glomeromicēšu saņēma oglekli jau 24 un 120 stundas pēc radioaktīvās iezīmēšanas, norādot uz ciešu šo sēņu saistību ar augu. Bazīdijsēnes oglekli akumulēja lēnāk, norādot, ka šī sēņu grupa nav spējīga ātri uzņemt no saknēm izdalītos organiskos savienojumus. Tomēr tika novēroti atsevišķi OTUs ar atšķirīgu reakciju. ĢM kartupeļu un vecāku rizosfēras sēņu sabiedrības bija nedaudz atšķirīgas. Tomēr šīs atšķirības nebija būtiskas.

2)      Hillekens RHE, Kuramee EE, Kowalchuk GA (Nīderlande) „Tracking the composition and function of soil-borne Basidiomycota communities”. Pētījuma mērķis bija izveidot metodoloģiju, kā analizēt bazīdijsēņu sabiedrības un funkcijas, kas ietvēra 28S rRNA gēnu analīzi (DGGE), ergosterola koncentrācijas, enzīmu aktivitātes (lakkāze, mangāna peroksidāze) un gēnu ekspresijas mērījumus, ietverot gēnus, kas piedalās organisko vielu noārdīšanā. Tika salīdzinātas dažādas augsnes un dažādi zemes izmantošanas veidi. Tika analizēta arī nobiru veida ietekme (ĢM kukurūza salīdzinājumā ar vecāka līniju). Ergosterola koncentrācija neparādīja būtiskas atšķirības starp lauksaimniecības veidiem. Pārējie rezultāti parādīja, ka gan augsnes tipam, gan menedžmenta veidam bija liela ietekme uz bazīdijsēņu sabiedrību un to aktivitāti. Zemākā bazīdijsēņu daudzveidība bija konvencionālās lauksaimniecības laukos, augstākā daļēji dabiskās augsnēs, bet vidēja bioloģiskās lauksaimniecības augsnēs. Līdzīgā veidā augsnes tips un zemes izmantošanas veids būtiski ietekmēja nobiru degradāciju, tomēr starp ĢM un vecāku līniju būtiskas atšķirības netika konstatētas. 

3)      Gschwendtner S, Reichmann M, Esperschutz J, Buegger F, Muller M, Munch JC, Schloter M (Vācija) „Effects of a genetically modified potato line with altered starch metabolism on carbon fluxes within the plant-soil system and on microbial community structure and function in the rhizosphare”. Kartupeļu cietei ir divas galvenās sastāvdaļas  - amiloze un amilopektīns. Lielāka rūpnieciskā nozīme ir amilopektīnam. Gēnu inženieri ir radījuši kartupeļu līniju (#1332), kas satur tikai amolopektīnu, ievietojot kartupeļu genomā mākslīgu gēnu, kas nobloķē amilozes veidošanos. Neskatoties uz to, ka tika izmantots kartupeļu bumbuļiem specifisks promoters, nevar izslēgt iespēju, ka ģenētiskā modifikācija var ietekmēt visa auga metabolismu, radot izmaiņas sakņu eksudātos, tādējādi izmainot mikroorganismu sabiedrību struktūru. Tika salīdzināta ĢM kartupeļu līnija, vecāku līnija ‘Walli’ un vēl viena nemodificēta kartupeļu līnija. Rizosfēras paraugi tika ievākti jauno lapu veidošanās un ziedēšanas stadijā. Lai noteiktu oglekļa plūsmu augu – rizosfēras sistēmā, tika izmantota iezīmēšana ar radioaktīvo oglekli 13C. Šī metode tika kombinēta ar fosfolipīdu taukskābju analīzi. Lai iegūtu padziļinātu izpratni par kartupeļu rizosfēras mikroorganismu populācijām, izmantojot reālā laika PCR, tika noteikta kartupeļu patogēna Phytophthora infestans, augu augšanu veicinošo mikroorganismu (Pseudomonas sp., Trichoderma sp.), kā arī augsnes mineralizācijas procesā iesaistīto funkcionālo grupu sastopamība. Pētījumā tika konstatēts, ka ģenētiskā modifikācija neietekmēja ne oglekļa plūsmu no auga uz augsni, ne mikroorganismu sabiedrību struktūru un aktivitāti rizosfērā. Arī filoģenētisko grupu un funkcionālo gēnu sastopamībā atšķirības netika konstatētas. Tomēr nemodificēto kartupeļu kultūras būtiski atšķīrās pēc visiem analizētajiem parametriem, un oglekļa plūsmu būtiski ietekmēja  augu attīstības stadija.

29. aprīlī konferences stenda referātu sesijā „Microbial Diversity and Processes in Forest Soils” tika prezentēts stenda referāts „Monitoring of Seasonal Changes of Northern Temperate Zone Spruce Forest Soil Microbial Populations”. Autori: Lelde Grantina, Gunta Bondare, Anna Janberga, Guntis Tabors, Raimonds Kasparinskis, Vizma Nikolajeva, Indrikis Muiznieks.

Tatjanas Tračevskas - Pārskats par komandējumu EBSA (European Biosafety Association) konferencē Istorilā, Portugālē (2011.gada 14.-15. aprīlī). 

Dalība katrā konferencē, protams, sākas ar pieteikšanos, un tā es, potenciāla konferences kandidāte Tatjana Tračevska, sniedzu savu pieteikumu konferences organizatoriem, uz ko saņemu elektronisko atbildi: „Lūdzu, pagaidiet, kamēr mūsu speciālisti pārbaudīs jūsu datus, un mēs dosim jums atbildi”. Tātad, šeit es uzreiz sastapos ar to, kā Eiropā darbojas termins „Biosecurity”, kas nozīmē tikai uzticamu cilvēku piekļuvi konferencei, bet lietojot attiecībā uz darbu laboratorijā: „aizsardzību no tā, ka sliktie cilvēki piekļūst potenciāli bīstamiem bioloģiskiem un ķīmiskiem objektiem”. Diemžēl, atšķirībā no angļu valodas, kurā pastāv divi termini „Biosecurity” un „Biosafety” ar atšķirīgu nozīmi, latviešu valodā abus terminus apzīmē ar vienu vārdu „ Biodrošība”. Kā vēlāk konferencē stāstīja Portugāles Nacionāla Veselības Institūta pārstāve M.S. Nuncio, portugāļu valodā arī pastāv līdzīga problēma. Šeit būtu vērts paskaidrot, ko saprot ar angļu terminu „Biosafety”; tas nozīmē „cilvēku aizsardzība no bīstamiem bioloģiskiem, ķīmiskiem u.c. aģentiem”. 

Pēc dažām pretendentu „drošības” pārbaudes dienām saņemu pozitīvu atbildi un varēju droši doties uz EBSA konferenci. Konferencē tika apspriesti daudzi biodrošības aspekti, kas būs izklāstīti nedaudz zemāk, taču sākumā tika pieminētas vērā ņemamas izmaiņas, ko veikusi cilvēce, un kas jau ietekmē vai drīz ietekmēs mūsu ikdienas dzīvi:  - pirmkārt, saistībā ar Pasaules Veselības Dienu, ko ikgadēji atzīmē 7. aprīlī, šogad vairāk pievērš uzmanību zāļu rezistentiem mikroorganismiem; - otrkārt, cilvēki jau pielieto ģenētiski modificētus augus un dzīvniekus, bet pirms to lietošanas ir joprojām aktuāla vajadzība izvērtēt un izpētīt ar to saistītus riskus; - treskārt, arvien plašāku sfēru ieņem sintētiskā bioloģija; - ceturtkārt, cilvēku aktivitātes dažādās jomās nemazinās, kas noved pie dabas katastrofām, bioloģiski bīstamo aģentu izplatības u.c. Līdz ar to iezīmējas sekojoši konferences mērķi un aktivitātes: 

-          Ar biodrošību saistīto risku sistemātisks pārskats; 

-          diskusijas par uzlabojumiem, praktiskie piemēri (piemēram, bīstamo aģentu reģistrācijas pasākumi Staten Serum Insitūtā, Danijā, ka arī mobila biodrošības 3. līmeņa laboratorija  Nīderlandē); 

-           tikai paļaušanās uz jaunām tehnoloģijām var būt bīstama un nav pietiekama biodrošibai (akcents uz nanodaļinām, mazajām RNS, lentivīrusu modeļiem, makslīgām neironu caurulītēm) ; 

-           kopdarbība ir efektīva (piem., starptautiski pieejamas 3. biodrošības līmeņa laboratorijas izveidošana);

-          vajadzība pēc Biodrošības regulācijas ar normatīvo aktu un rekomendāciju palīdzību Eiropā, nepieciešamas izmaiņas līdz ar jaunām tehnoloģijām (daži interesanti piemēri, kas skar  personāla, sabiedrības un dabas aizsardzību; arī starptautiskās regulas, kas atvieglos starptautisku piekļuvi dažādiem mikroorganismu celmiem vai GMO katrā valstī).

 

Pasākuma laikā bija iespējams iepazīties ar citu zinātnieku ziņojumiem par biodrošības 3. un 4. līmeņa ieviešanu laboratorijās, kas strādā ar sevišķi bīstamiem aģentiem, piedalīties dažādās diskusijās, iepazīties ar vairākiem biodroša darba modeļiem, uzzināt vairāk par paraugu uztilizāciju un dekontaamināciju, ka arī iepazīties ar biodrošības speciālistu apmācības un sertifikācijas programmām. Kopumā pasākumu var vērtēt ka ļoti informatīvu un veiksmīgi organizētu gan laika, gan telpu ziņā.  

Projekta galvenā izpilditāja T. Tračevska, Rīga 2011 g. 26. aprīlis.

Pētnieces Lelde Grantiņa piedalijās simpozijā Soil Metagenomics 2010, Braunšveigā, Vācijā, 8.-10.12.2010.

Simpozijs notika Johann Heinrich von Thunen Institūtā, kas ir izveidots 2008. gadā, apvienojot 15 institūtus, kuros strādā 600 darbinieki, no kuriem 190 ir zinātnieki.

Augsnes mikrobioloģija ir bioloģijas apakšnozare, kas pēdējo 18 mēnešu laikā ir attīstījusies “eksplozīvā” veidā pateicoties jaunākās paaudzes sekvenēšanas tehnoloģijām. Par rutīnu ir kļuvušas augsnes metagenomiskās analīzes, kad nosekvenē pilnīgi visu no augsnes izdalīto DNS, t.i., tiek iegūti simtiem miljonu nolasījumu. Pie augsnes metagenomiskajām analīzēm pieskaita shot-gun metagenomiku vai transkriptomiku, kā arī fosmīdu vai bac bibliotēku sekvenēšanu.

Sekvenēšanas tehnoloģiju attīstība:

  • Pirmā paaudze 1995 – 2007, Sangera sekvenēšana, septiņi simti līdz tūkstots bp gari nolasījumi;
  • Otrā paaudze 2005 – pašlaik, “high throughput”, vienlaicīgi tiek sekvenēts liels skaits sekvenču, 35 – 400 bp gari nolasījumi; eksistē vairākas sekvenēšanas metodes – 454 pirosekvenēšana, Solexa, SoliD, Polonator;
  • Trešā paaudze 2010. gada beigas – PacBio, >1000 bp, 0.1 – 0.3 miljardi sekvenču, 1GB 15 min; balstās uz reālā laika tehnoloģijām.

Cenas - pirosekvenators maksā 20 000 $; sekvenēšana ar Illumina tehnoloģiju maksā 10 000 sekvenču 1  EUR. Vislētākā tehnoloģija patlaban ir 454, bet augstāka datu kvalitāte ir Illumina. Datu uzglabāšanas apjoms ar katru jauno tehnoloģiju dramatiski pieaug. Lielākās izmaksas veido iegūto datu analīze. Datu analīzei BLAST vairs neder. Iegūto sekvenču analīzei izmanto „assembly solution”, kad datus salīdzina pēc analoģijas principa. Ja ir vismaz 327 miljoni nolasījumu, tad ir garantija, ka visi nolasījumi tiks iekļauti kādā kontigā un nebūs neizmantoto nolasījumu. Ir pieejamas vairākas datu apstrādes programmas: QIIME (likvidē pirosekvenēšanas kļūdas), Greengenes, RDP, SEED, Silva SSU, STAMP (Statistical Analysis of Metagenomic Profiles). Eksistē arī vairākas programmas sekvenču sistemātiskās piederības noteikšanai (MEGAN, PhyloPythia, TACOA, NBC, Phymm/PhymmBL). MOTHUR – programma sekvenču salīdzināšanai.

Amerikāņu zinātnieki ir uzsākuši iniciatīvu augsnes metagenomisko analīžu standartizācijai - Genomic Standards Consortium (http://gensc.org).

Patlaban pasaulē notiek 6 lieli augsnes metagenomikas projekti:

•      Joint Genome institute (JGI) Soil Metagenomic Initiative, Great Prairie augsnes, US, piecsimts divdesmit līdz tūkstots septiņsimts divdesmit miljoni nolasījumu no lauka, 35 miljoni nolasījumu no parauga.

•      Terragenome – izveidots 2008. g., iesaistīti zinātnieki no 23 valstīm; pilotprojekts Rothamsted (UK) – vieta ar 140 gadu pētījumu vēsturi, sāka ar fosmīdu bibliotēkām (1 miljons), tagad izmanto augsnes filočipus; šī projekta pārstāvji prezentēja pētījumu, kurā DNS no augsnes bija izdalīta ar 15 dažādām metodēm. 15 DNS izdalīšanas metodes nodrošināja 99 % reprezentativitāti no visa dotās augsnes metagenoma; divas dažādas DNS izdalīšanas metodes var dot tik pat atšķirīgus rezultātus kā divas atšķirīgas augsnes (T. Vogel, P. Simonet).

•      Earth Microbiome Project – mērķis analizēt mikroorganismu sabiedrības visā pasaulē ar metagenomikas un metatranskriptomikas palīdzību; 1Tbp, 3 runs, 35 000 $ katrs. No metagenomu sekvencēm tiks “savākti” apm. 500 000 genomu.

•      METAEXPLORE – 7. ietvarprogrammas projekts, 18 zinātnieku grupas no 11 valstīm, ES nauda € 5 999 991, projekta vadītājs Prof. Jan Dirk van Elsas no Nīderlandes.

•      U.c.

Citi metagenomu projekti:

•      Tara Oceans – 3 okeānu metagenoma projekts;

•      124 cilvēku zarnu trakta metagenoma projekts;

•      Microbial Earth Project – paredzēts nosekvencēt 10 000 mikroorganismus;

•      Datu bāze MG-RAST (9200 metagenomi no > 500 zinātnieku grupām, 20 GB nedēļā). Ar šo datu bāzi var veikt metagenomu salīdzinājumu.

Augsne, it sevišķi mežu augsne, ir nesajaukta heterogēna vide ar izteiktiem gradientiem (pH, augsnes granulometriskais sastāvs u.c.). Augsnē var būt 104 – 107 sugu/g augsnes. Sēnes sastāda apm. 5 %. Tomēr meža augsnēs sēnēm ir lielāka biomasa nekā baktērijām. Augsnē plaši sastopamie taksoni veic lielāko daļu no ekosistēmas funkcijām, šiem mikroorganismiem ir raksturīga aktīva augšana. Reti sastopamie mikroorganismi neaug vispār vai aug ekstremāli lēni. Tomēr šie mikroorganismi var kļūt dominējoši, ja mainās vides apstākļi. Daudzi mikroorganismu ir sastopami augsnē neaktīvā formā kā sporas.

Ar dažādām fingerprintinga metodēm var noanalizēt tos mikroorganismus, kas veido vairāk nekā 5 % no mikroorganismu populācijas. DNS microarray metodes uztver mikroorganismus, kas sastāda vismaz 0.15 %. Izmantojot metagenoma sekvenēšanas metodes, var konstatēt arī retākus mikroorganismus.

Vairākās prezentācijās tika rādīta metode, kad vienas augsnes mikroorganismu sabiedrības pārnes uz citu sterilizētu augsni, vai pievieno kādu substrātu, piemēram, hitīnu. Pēc 3 – 7 dienu inkubācijas konstatē, ka paraugā parādījušies jauni mikroorganismu taksoni (piem., Streptosporangium), kas iepriekš nav detektēti zemās sastopamības dēļ. Sterilu augsni var iegūt to vairākas reizes autoklāvējot un pēc tam apstrādājot ar gamma starojumu.

Ar mūsdienu sekvenēšanas metodēm iegūtos datus var izmantot, lai atrastu barotnes nekultivējamiem mikroorganismiem, izmantojot programmas RAST, SEED. Tomēr interesējošo gēnu sastopamības līmenis ir zems (1 pret 10 000 – 1 000 000 nolasījumiem).

Simpozija posteru sesijā tika prezentēts stenda referāts „Fungal diversity in agricultural and forest soils”. Autori: Lelde Grantina, Gunta Bondare, Anna Janberga, Kristine Kenigsvalde, Vizma Nikolajeva, Nils Rostoks, Indrikis Muiznieks.

Posteru sesijā Dohrmann et al. (Vācija) prezentēja pētījumu “A close look at the diversity of bacteria in maize rhizosphere and the search for differences between genetically modified and conventionally bred cultivars”. Izmantojot GS FLX Titanium Amplicon sekvenēšanas metodi tika analizēti 16S rRNS gēni, kā rezultātā ieguva 550 000 sekvenču, kas atbilda 20 tipiem, 50 klasēm, 60 rindām, 160 dzimtā un 500 ģintīm. Dominējošās ģintis bija Streptomyces, Nocardioides un Massilia. Tika konstatēts, ka pirosekvenēšana neparādīja būtiskas atšķirības starp ģenētiski modificēto kukurūzu un konvencionālo kukurūzu.

Ilze Mileiko no 2010.gada 15. līdz 26. novembrim piedalījās PVO organizētajā apmācības kursā „Operational research in reproductive health” Lietuvā, Kauņā. 

Komandējuma laikā piedalījās divu projekta pieteikumu rakstīšanā, izmantojot rīcības pētījuma metodoloģiju un veidoja kontaktus ar pētniekiem un ierēdņiem no citām ES dalībvalstīm. Kursa nobeigumā ieguva sertifikātu, kas apliecina zināšanas par kursa satura veiksmīgu pielietošanu praksē.

Pētnieces Leldes Grantiņas atskaite par dalību konferencē -IMC9 The Biology of Fungi, 1.-6.08.2010., Edinburga, Skotija

Augusta sākumā Skotijas pilsētā Edinburgā norisinājās Devītais starptautiskais mikoloģijas kongress par sēņu bioloģiju.

Kongresa plenārsesijās uzstājās vairāki pasaulē atzīti zinātnieki. No projekta tematikas viedokļa, kas saistīta ar biodrošību, tai skaitā, patogeniem mikroorganismiem, interesanta prezentācija bija Joseph Heitman (Duke University, ASV) par patogēniem, kas sastopami sēņu valstī. Sēnes, kas inficē mugurkaulniekus, tātad arī cilvēkus, ir sastopamas visās lielākajās sēņu taksonomiskajās grupās. Tā, piemēram, abinieku pasaulē daudzu sugu izmiršanu ir izraisījusi hitrīdijsēne ar kustīgām sporām Batrachochytrium dendrobatidis, kas vairojas abinieku ādā. Šīs sēnes postošās infekcijas dēļ Panamā izmira 30 abinieku sugas pirms biologi tās paspēja aprakstīt. Saskaņā ar J. Heitman teikto eksistē teorija, kas sēnes ir vainojamas arī dinozauru izmiršanā. 

Mūsdienās daudzās dzīvības zinātņu jomās plaši tiek pielietotas genoma sekvenēšanas sniegtās iespējas. Daudzu patogēno sēņu (dermatofītu (ādas patogēnu) u.c.) genoma sekvenēšana ļauj izprast šo sēņu infekcijas spējas (virulenci). Piemēram, Malassezia ir bazīdijsēnes, kas izraisa blaugznas. Salīdzinot šīs sēnes genomu ar melnplaukas sēņu Ustilago genomu, tika konstatēts, ka daudzi gēni no Ustilago genoma bija pazuduši, piemēram šīm sēnēm nenotiek taukskābju sintēze.

Daudzām patogēnajām sēnēm ir atklāti unikāli seksuālās reprodukcijas veidi, kas papildus citām īpašībām nodrošina šo sēņu virulenci. Kopumā patogēnajām sēnēm raksturīgs atsevišķu gēnu zudums, dimorfisms vai pat trimorfisms – sēņu eksistence vairākās formās – raugu forma, pseidohifas, hifas. Ir atklāta sakarība, ka, jo sēnei ir lielākas sporas, jo tā ir virulentāka.

Interesanta bija arī David S. Hibbet (Clark University, ASV) prezentācija par sēņu sistemātiku. Patlaban ir zināmas 1,5 miljoni sēņu sugu. Pēc divu zinātnieku aprēķiniem patiesais sēņu sugu skaits varētu būt 3 līdz 5 miljoni. Mūsdienās katru gadu tiek aprakstītas apmēram tūkstotis jaunu sugu. Līdz ar to pie šāda tempa būtu nepieciešami vismaz 150 gadi, lai aprakstītu visas vēl neatklātās sēņu sugas. D. S. Hibbet aicināja zinātniekus sadarboties, lai palielinātu to jaunatklāto sēņu sugu īpatsvaru, kurām tiek nosekvencēts kaut vai viens genoma reģions, jo pašlaik tikai 30 % no jaunajām sēņu sugām tiek sekvenētas.

Kopumā konferences tematika bija ļoti plaša – sākot no sēņu šūnu bioloģijas (organellu pārvietošanās hifu iekšienē, hifu augšana), ģenētikas, sistemātikas, dažādu sēņu izraisītu infekciju, piemēram, plaušu aspergillozes, bioloģijas, līdz dažādiem ekoloģiskajiem pētījumiem. Piemēram, Francijas zinātnieki prezentēja divus pētījumus par sēņu un citu organismu (ķērpju, baktēriju) izturību kosmosa apstākļos. Daudz stenda referātu bija par atsevišķu sēņu pielietojumu citu patogēnu mikroorganismu bioloģiskajā kontrolē, un cik droši tas ir. Piemēram, Helsinku Universitātes zinātnieki bija analizējuši saprofītiskās lielās pergamentsēnes Phlebiopsis gigantea spēju kļūt par dzīvas koksnes kolonizētāju. Šī sēne tiek izmantota meža koku patogēna sakņu piepes Heterobasidion annosum bioloģiskajā kontrolē. Tika konstatēts, ka lielajai pergamentsēnei ir diezgan maza varbūtība kļūt par dzīvas koksnes noārdītāju.

Konferences posteru sesijās tika apskatīti stenda referāti, kuru tematika saistīta ar transgēniem augiem vai biodrošību. Piemēram, L. Danielsen un kolēģu (Vācija) stenda referātā „Do transgenic  poplars modified in the phenilpropanoid pathway affect fungal diversity in the soil?” tika prezentēts pētījums, kurā salīdzināja augsnes mikroorganismu daudzveidību ģenētiski modificētu papeļu ar zemu lignīna saturu stādījumos ar parastu papeļu stādījumiem. No visām pielietotajām metodēm, tikai tāda ļoti mūsdienīga metodē kā pirosekvenēšana parādīja atšķirības starp saprotrofisko, patogēno un endofītisko sēņu sabiedrībām abos parauglaukumos.

P. Hedenec un kolēģu pētījumā „The effect of energetic crops on soil microbial community” tika salīdzināta pļavu augsnes mikroflora ar vairāku enerģētisko augu stādījumu augsnes mikrofloru. No sešiem pārbaudītajiem enerģētiskajiem augiem trīs enerģētisko augu (skaujlapainās silfijas Silphium perfoliatum, Sahalīnas dižsūrenes Reynoutria sachalinensis and klūdziņu kārkla Salix viminialis) parauglaukumos tika novērota būtiski augstāka respirācija (augsnes mikroorganismu elpošanas līmenis), kas norādīja uz to, ka šie augi ietekmē augsnes mikroorganismus.

Posteru sesijā 5. augustā tika prezentēts stenda referāts „Seasonal changes of forest soil microbial populations”. Tā autori bija Lelde Grantiņa, Gunta Bondare, Anna Janberga, Vizma Nikolajeva un Indriķis Muižnieks no LU Bioloģijas fakultātes (BF) mikrobioloģijas un biotehnoloģijas katedras, Guntis Tabors no LU BF Botānikas un ekoloģijas katedras un Raimonds Kasparinskis no LU Ģeogrāfijas un zemes zinātņu fakultātes Vides zinātnes nodaļas. Referātā prezentētie rezultāti tika apspriesti ar vairākiem citu valstu zinātniekiem: Anna Rosling no Zviedrijas Lauksaimniecības universitātes, Andrey Yurkov no Ruhr-Universitat Bochum un Leho Tedersoo no Tartu Universitātes muzeja u.c. interesentiem.

Aivita Putniņa un Jekaterīna Kalēja 12.04.2010. apmeklēja Itāliju, Romu, Istituto Superiore di Sanità (ISS). Mērķis piedalīties seminārā “ETHICSWEB Workshop on Good Practice of Documentation”, apgūstot zināšanas un prasmes darboties ETHICSWEB (Interconnected European information and documentation system for ethics and science) sistēmā, lai veiksmīgāk īstenot projekta aktivitātes. Iegūtas zināšanas par projektu ETHICSWEB kopumā, tā mērķiem, partneriem un nākotnes perspektīvām, veidojot datubāzi dažādu tipu dokumentiem saistītiem ar ētikas jautājumiem dažādu zinātņu laukos, kā arī tika iegūtas ESF projekta Nr.2009/0224/1DP/1.1.1.2.0/09/APIA/VIAA/055 aktivitāšu 4.1 un 6. realizācijai nepieciešamas zināšanās par datubāzes veidošanas nozīmīgajiem nosacījumiem, dokumentu atlases, apstrādes, kataloģizēšanas un indeksēšanas, kā arī integrēšanas kritērijiem un pamatiem, elektronisko dokumentu licencēšanas un autortiesību ievērošanas, kvalitātes jautājumiem. Tika nodibināti kontakti ar ETHICSWEB projekta dalībniekiem turpmākai sadarbībai.

Pārskats par dalību EUCARPIA graudaugu sekcijas zinātniskajā konferencē “Innovation in cereal breeding”, Kembridža, Lielbritānija, 2010.gada 6. – 8. aprīlis

Konferencē piedalījās aptuveni 160 zinātnieki gan no akadēmiskām institūcijām, gan arī no privātām kompānijām pārsvarā no Eiropas valstīm, bet arī no ASV, Kanādas, Austrālijas un Indijas. Konferenci organizēja NIAB (National Institute of Agricultural Botany, Lielbritānija). 

Konferences gaitā iepazinos ar jaunākajiem sasniegumiem graudaugu selekcijā, tai skaitā ar ģenētiski modificētu organismu (ĢMO) pielietojumu fundamentālos pētījumos, biotehnoloģijā un graudaugu selekcijā. Dotajā brīdī pasaulē netiek kultivēti ģenētiski modificēti graudaugi, atskaitot kukurūzu, taču ĢMO ir plašs pielietojums graudaugu ģenētiskajos pētījumos. Konferences plenārsēdē uzstājās Monsanto firmas pārstāvis no ASV Roberts Reiters, kurš iepazīstināja ar galvenajiem kukurūzas selekcijas virzieniem un metodēm šajā firmā, tai skaitā arī ar ĢM kukurūzas selekciju. 

Patreizējās ģenētiskās metodes noteiktu pazīmi nosakošu gēnu identifikācijai parasti ļauj identificēt nevis vienu konkrētu gēnu, bet gan vairākus kandidātgēnus. To tālākai validācijai vistiešākā metode ir kādas graudaugu šķirnes, kurai nepiemīt konkrētā īpašība, piemēram, izturība pret noteiktu patogēnu, transformācija ar kandidātgēniem, lai noskaidrotu, kurš no tiem var piešķirt ģenētiski modificētajam augam šo noteikto pazīmi. Piemēram, Dr. C. Uauy  no John Innes centra Lielbritānijā parādīja, ka stabila uzņēmīgas kviešu šķirnes transformācija ar START kināzi kodējošu gēnu Yr36 no rezistentas kviešu šķirnes piešķir transformētajai šķirnei izturību pret rūsas sēni Puccinia striiformis. Konferencē tika prezentēti arī vairāki stenda referāti, kuros tika demonstrētas jaunas metodes efektīvākai graudaugu transformācijai, kā arī piedāvāti transformācijas pakalpojumi. Piemēram, stenda referāts Nr. 11 „BRACT Barley Transformation Resources” (Smedley and Harwood) sniedza informāciju par John Innes centrā piedāvātajiem miežu ģenētiskās transformācijas pakalpojumiem, kuri pieejami visiem ieinteresētajiem zinātniekiem. Savukārt stenda referātos Nr. 10 (Medvecka et al.) un Nr. 7 (Wallington et al.) parādītas jaunas, augstas efektivitātes pieejas heksaploīdo kviešu transformācijai. 

Konferencē tika apspriests arī sabiedrības viedoklis attiecībā uz ĢMO un tā ietekme uz ĢM kultūraugu audzēšanu un to produktu ievešanu ES. NIAB direktore Dr. T. Barsby deva ieskatu kviešu ģenētiskās transformācijas pētījumos NIAB un izvērtēja dažādus ĢM graudaugu audzēšanas aspektus ES. 

Konferences gaitā vairākkārt izskanēja viedoklis, ka atļaujas iegūšana darbam ar ģenētiski modificētiem kultūraugiem ir laikietilpīgs process, tādēļ nepieciešams meklēt alternatīvas metodes kandidātgēnu validācijai. Kā viena no alternatīvām tika minēta TILLING metode, kura ļauj inducēt mutācijas graudaugu genomā, un pēc tam dod iespēju identificēt mutācijas noteiktos kandidātgēnos. Ja šādas mutācijas konkrētā gēnā izraisa noteikta fenotipa parādīšanos vai pazušanu, iespējams spriest, ka konkrētais kandidātgēns ir atbildīgs par šo pazīmi (fenotipu). TILLING pieeja netiek klasificēta kā ģenētiskā modifikācija un tās izmantošanai nav nepieciešama speciāla atļauja. 

Sīkāka informācija par konferenci, tās programmu un dalībniekiem iegūstama sekojošā interneta vietnē: http://www.eucarpia.org/